¿Puedes asociar una noción de entropía con diferentes moléculas?

No estoy seguro de seguir tu pregunta, pero aquí va. Sí. El trabajo de Boltzmann tiene que ver con la entropía en términos de configuración molecular y los cambios de entalpia tienen que ver con la unión (intermolecular e intramolecular).

Sí tu puedes. De hecho, también hay tablas de entropía para compuestos.
Ver aquí http: //hyperphysics.phy-astr.gsu