¿Podrían las vacunas contra la gripe / vacunas desencadenar respuestas inmunes contra virus benignos similares que ya se encuentran en un bioma saludable?

No es imposible. La vacunación original contra la viruela utilizaba viruela vacuna, un virus relacionado que era lo suficientemente similar a la viruela para que funcionara.

Pero en la práctica real puede no importar mucho. Un patógeno viral en humanos podría tener parientes cercanos (por ejemplo, en las vacas) que sean lo suficientemente similares como para ser eliminados por una sola vacuna. Y estos parientes cercanos muy probablemente también son patogénicos, es decir, causan enfermedades en las vacas ya que sus parientes causan enfermedades en los humanos. Pero dudo mucho que erradicar la viruela bovina junto con la viruela tenga algún efecto negativo en las vacas. Por un lado, el sistema inmunitario humano permanece dentro del cuerpo.

La única forma en que esto podría tener un efecto importante es si los humanos son un huésped intermedio. Pero de nuevo, dudo que detener el ciclo de transmisión de la viruela va a tener efectos negativos en las vacas

Quería ampliar la pregunta original:
Soy un ingeniero eléctrico y NO soy un profesional médico.

Si el cuerpo humano alberga un espectro dinámico de virus, bacterias y hongos; y la vacunación (vacuna contra la gripe 2014, por ejemplo) desencadena una respuesta inmune contra un virus / bacteria específicos. ¿Podríamos estar estimulando inadvertidamente una respuesta contra familias de virus “ya presentes”? Entonces, cuando los profesionales médicos dicen “no se puede contagiar la gripe de la vacuna contra la gripe”, ¿podría sentirse terriblemente enfermo a medida que su sistema inmunitario ataca poblaciones de flora benigna (y posiblemente beneficiosa)? Me parece factible, estas purgas de amplio espectro podrían debilitar inadvertidamente la inmunidad / salud nativa de nuestra población a otros contagios en nuestros entornos. De manera comprensible, existen compensaciones entre las amenazas agudas y la salud a largo plazo, por lo que no estoy difamando las vacunas; solo observando la imagen más grande. ¿Pensamientos?

Sí, si la respuesta inmune resultante reacciona de forma cruzada, puede terminar con el inicio, quizás, de una respuesta inflamatoria a ese “virus benigno”, aunque es más probable que su cuerpo ya haya eliminado ese virus.