La membrana nuclear tiene poros para transportar moléculas del núcleo al citoplasma y viceversa. Los complejos de poro nuclear son los únicos canales a través de los cuales tiene lugar el movimiento de moléculas a través del envoltorio nuclear. El movimiento de las moléculas a través de la membrana nuclear debe ser selectivo y regulado, el poro nuclear cumple esta función.
El complejo de poro nuclear controla el movimiento de las moléculas entre el núcleo y el citoplasma. Las moléculas pequeñas se mueven pasivamente a través del complejo de poro nuclear, mientras que las macromoléculas (como el ARN y las proteínas) se transportan activamente a través de este poro cuando sea necesario. Este transporte selectivo de moléculas es responsable de la expresión génica reguladora (los ARN se transportan desde el núcleo al citoplasma para su traducción y las proteínas nucleares se translocan al núcleo).
