Gran pregunta Esto requiere una comprensión estructural de cómo se ven las proteínas, y cómo los receptores en general se activan por las entidades que se unen a ella.
Un anticuerpo contiene las regiones Fc y Fab. La región de The Fab típicamente contiene tres pares de CDR (regiones determinantes de la complementariedad). La estructura de estas CDR en la estructura tridimensional del anticuerpo se puede configurar como protuberancias, ondulaciones, bolsas, etc. Algunos anticuerpos tienen CDR que se unen a una región del receptor que está relativamente lejos de los sitios de activación, lo que puede ser estéricamente / alostéricamente inhibir el receptor (antagonista). Otros anticuerpos tienen CDR que se unen al dominio de activación que provoca una respuesta (agonista).
La forma en que los investigadores determinan si su anticuerpo se une al sitio correcto en el receptor para ser un agonista / antagonista se realiza de muchas maneras.
- Podrían tener una mezcla del receptor y las proteínas del anticuerpo y cristalizarlas juntas para obtener un modelo estructural en 3D de las dos uniones entre sí (cristalografía de rayos X o NMR sin cristalización).
- Podrían ejecutar una simulación de acoplamiento en programas como PyMOL Rosetta para ver qué interacciones vinculantes resultan en la estructura de menor energía.
- Podrían realizar pruebas con líneas celulares / cultivo para ver si el anticuerpo está activando la actividad deseada del receptor o inhibiéndola, cuya actividad debe detectarse en función de lo que realmente hace ( p . Ej ., Regulación positiva transcripcional o una proteína fluorescente).
En resumen, algunos anticuerpos activan o inactivan los receptores dependiendo de a qué parte de la superficie del receptor se unen.
