Todos los tratamientos solo se vuelven efectivos después de que las endosporas -después de haber ingresado al cuerpo- se activan, salen de la hibernación y comienzan la actividad metabólica, la capa de esporas que los protege del daño ambiental roto o absorbido, por lo que ya no pueden resistir el estrés ambiental.
La reactivación de la endospora se produce cuando las condiciones son más favorables e implican la activación , la germinación y la excrecencia . Incluso si una endospora se encuentra en nutrientes abundantes, puede no germinar a menos que haya tenido lugar la activación. Esto puede desencadenarse calentando la endospora. La germinación involucra la endospora inactiva que inicia la actividad metabólica y así rompe la hibernación. Comúnmente se caracteriza por la rotura o absorción de la capa de esporas, la hinchazón de la endospora, un aumento en la actividad metabólica y la pérdida de resistencia al estrés ambiental.