Las enzimas producidas por las bacterias intestinales son importantes en el metabolismo de varias vitaminas. La microflora intestinal sintetiza la vitamina K , que es un cofactor necesario en la producción de protrombina y otros factores de coagulación sanguínea. El tratamiento con antibióticos, particularmente en individuos que consumen una dieta baja en vitamina K, puede resultar en niveles bajos de protrombina en plasma y una tendencia a sangrar. Las bacterias intestinales también sintetizan biotina, vitamina B12, ácido fólico y tiamina.
Hay dos fuentes de vitamina K, incluida la vitamina K1 , o filoquinona, que se encuentra principalmente en vegetales de hoja verde y vitamina K2 o menaquinona que es sintetizada por ciertas bacterias intestinales.