Hay muchas diferencias
- Requisito de NTP: las enzimas de Tipo II no requieren ningún nucleótido. Tipo I y III usa ATP para actividad de endonucleasa.
- Reconocimiento de secuencia: el tipo II reconoce la secuencia palindrómica (misma secuencia si lees de izquierda a derecha). Los tipos I y III reconocen la secuencia no palindrómica.
- Posición de escisión: el tipo II escinde el ADN dentro o muy cerca del sitio de la secuencia de reconocimiento. Tipo I hace múltiples cortes en el ADN. Tipo III escinde 25-27 pb lejos del sitio de reconocimiento.
- Subunidades de escisión (varias partes de un complejo de proteína): en las enzimas de Tipo II, la endunuceasa de restricción puede escindir el ADN por sí mismo. En los tipos I y III, se debe formar un complejo de subunidades para cortar el ADN.
