Depende de la clase de riboswitch. En general, sin embargo, lo que se observa es que la mayoría (y a veces todos) de los donantes y aceptores de enlaces de hidrógeno que se pueden encontrar en el ligando son reconocidos por el ARN de alguna manera.
Las interacciones electrostáticas también entran a menudo en juego. Si el ligando está cargado negativamente, entonces uno o más metales podrían coordinarse con él. Si está cargado positivamente, entonces puede encontrar fosfatos de la cadena principal de ARN cerca de la carga o el ligando puede acumularse con bases de purina para crear interacciones de catión-pi.
Además, el apilamiento de bases es bastante común cuando el ligando contiene una base de purina. De forma similar, si hay una sección no polar del ligando, a menudo también se enterrará entre bases de ARN.
Finalmente, el bolsillo de unión a menudo se cierra de alguna manera para evitar que entren en el sitio moléculas más grandes de aspecto similar. Esto podría deberse a un ion metálico cercano o al plegamiento natural del ARN. Los choques estéricos típicamente causan grandes defectos de unión y son muy efectivos para excluir ligandos más grandes.
