Desafortunadamente, no existe un tratamiento específico disponible que pueda curar la encefalitis japonesa. Las personas que experimentan la forma más grave de la enfermedad deberán ser tratadas en el hospital. Las drogas antivirales, como el aciclovir intravenoso, a menudo se administran cuando se diagnostica inicialmente la encefalitis, incluso antes de que se conozca la causa. El aciclovir es el mejor tratamiento para la encefalitis por herpes simple. Si el medicamento puede iniciarse poco después de que comienzan los síntomas, la posibilidad de recuperación total es mucho mejor. Sin el tratamiento con aciclovir, la encefalitis por herpes puede causar daño cerebral permanente grave. Los medicamentos antivirales no tienen mucho efecto sobre los otros agentes virales que causan encefalitis.
La encefalitis causada por la enfermedad de Lyme se trata con antibióticos por vía intravenosa, generalmente ceftriaxona.
Otros tratamientos se conocen como terapias de apoyo. Estos incluyen medicamentos para reducir la fiebre, aliviar el dolor de cabeza y tratar las convulsiones si ocurren.