Si observa la estructura de un aminoácido (mostrado anteriormente), el grupo carboxilo funcional -COOH tiene dos átomos de oxígeno en ellos. Dada la naturaleza electronegativa (tendencia de un átomo a extraer electrones de otros átomos) de oxígeno, tiende a extraer el electrón de su átomo de hidrógeno vecino generando un protón (H +) en el proceso. Esto causa la deslocalización de electrones en el grupo funcional carboxilo que da como resultado la extracción de protones como se muestra en la imagen a continuación.
Como sabemos, cualquier molécula que contribuye a los protones en solución es de naturaleza ácida, lo que hace que los grupos funcionales carboxílicos de aminoácidos sean de naturaleza ácida.