Generalmente se explica con el modelo de cerradura y llave Emil Fischer 1894. La idea es que los receptores de drogas, que son proteínas, tienen sitios de unión (Lock) de formas particulares. Solo las moléculas (clave) con la forma correcta pueden caber en el sitio de unión y tener algún efecto. Los efectos incluyen bloquear la unión de la molécula natural (sustrato), prevenir algún movimiento de la proteína que la activaría o evitar que interactúe con otras proteínas. Un ejemplo serían las proteínas quinasas que son proteínas que modifican otras proteínas mediante la unión de grupos fosfato (fosforilación). Esto implica transferir un grupo fosfato de un nucleósido trifosfato (generalmente ATP) y unirlo covalentemente a aminoácidos específicos en la otra proteína. Para que esto suceda, el ATP tiene que unirse a un bolsillo de la proteína quinasa, por lo que muchos fármacos inhibidores de la proteína quinasa funcionan al unirse al mismo bolsillo con más fuerza que el ATP.
