¿Qué sucede con los nucleótidos modificados que cortan las tijeras moleculares Cas9?

Por tijeras moleculares supongo que te refieres a la actividad nucleasa de Cas9 de la vainilla. Editado me sorprende porque desde entonces hemos desarrollado “editores base” que pueden modificar específicamente los nucleótidos individuales.

Para responder a esta pregunta, el contexto ambiental también importa mucho. En su sistema nativo, Cas9 escinde el ADN del bacteriófago invasor que es extraño a las bacterias que expresan Cas. Después de la escisión, el ADN ya no es útil (no expresa las proteínas necesarias para la integración) y probablemente se degrada por la bacteria y se recicla en desoxinucleótidos para su uso en la replicación.

En un sistema de mamíferos (por ejemplo, los humanos) las cosas son un poco más complejas. El ADN se repara en lugar de descartarse (ya que lo que ha cortado es ADN endógeno). Puedo detallar si desea conocer los detalles específicos, pero para abreviar hay varias formas en que se puede reparar el ADN. Sin embargo, la forma más común es unir groseramente el ADN de nuevo, muchas veces introduciendo o eliminando fragmentos importantes. Lo que esto significa es que el gen de interés ya no es funcional, por lo tanto, has “cortado” el gen.

Permanecen en el nucleoplasma, listos para ser reutilizados en el futuro.

Los nucleótidos libres flotan en el nucleoplasma y se agotan durante la síntesis de ADN, y cualquier nucleótido cortado por Cas9 simplemente volvería a flotar en la “sopa de nucleótidos”.

Dependiendo de la naturaleza del experimento, algunos de esos mismos nucleótidos podrían incluso reutilizarse durante la recombinación homóloga posterior al corte. De lo contrario, la célula los reciclaría la próxima vez que sintetizara ADN.

Descargo de responsabilidad: no soy experto en CRISPR / Cas9 y estoy respondiendo según lo que he aprendido de forma independiente. Cualquier comentario / crítica es bienvenido.

Los nucleótidos que se eliminan se reclaman a través de las vías de recuperación de nucleótidos o se excretan como residuos nitrogenados. Las bases de monofosfato que se extirpan no se activan (necesita dos fosfatos más) y no se pueden usar inmediatamente para la polimerización de nucleótidos.

Los que se agregan generalmente son propensos a errores debido a la naturaleza de rotura bicatenaria del sistema cas9, sin una plantilla de hebra homóloga, las bases que se incorporan no tienen forma de ser revisadas, por lo que esto generalmente conduce a la destrucción del material genómico viral. en el sistema nativo.