Si tenía parámetros de campo de fuerza precisos para el ligando en cuestión y sabía dónde estaba el sitio de unión, podría hacer una simulación de dinámica molecular del sistema. La capacidad de encontrar la respuesta a través de la simulación depende de algunas cosas:
¿Qué tan precisa es la parametrización del ligando?
¿Qué tan bien el campo de fuerza elegido se aproxima a las características de la estructura electrónica importante para la actividad del ligando (es decir, ¿la interacción ligando-receptor depende de los efectos de la polarización)?
¿Qué tan grande de un cambio conformacional estás esperando? Si es relativamente pequeño, lo encontrará más fácilmente a través del muestreo MD. Si es relativamente grande, encontrarlo a través de MD puede ser fácilmente no trivial y requiere métodos de muestreo avanzados.
