Tiene razón al pensar que algunas proteínas (especialmente las proteínas con partes que funcionan) se desgastan. Algunas de estas proteínas giran a miles de revoluciones por minuto o se inclinan hacia adelante y hacia atrás cientos de veces por segundo. Estas diminutas máquinas se desgastan y se rompen; como las máquinas que usas en tu vida macroscópica.
Otra razón es que algunas proteínas son necesarias para un trabajo específico, pero temporal. Cuando es necesario, se fabrican, se entregan en el sitio adecuado, hacen el trabajo, y luego se eliminan y los aminoácidos que componen esa proteína se reciclan. Cuando se necesite esa proteína para hacer ese trabajo nuevamente en algún momento en el futuro, se fabricará, entregará una mayor cantidad de esa proteína, etc.