¿Dónde ocurren todas estas rutas bioquímicas?

Una buena respuesta sería abordar nuevas ideas en biología celular, tales como:
• naturaleza gelsol del citoplasma
• naturaleza directiva de las vías bioquímicas
• estructura de microtúbulos (por ejemplo, proteínas motoras)
* los microtúbulos se forman rápidamente y se disuelven en el citoplasma, pero crean vectores fuertes que impulsan el movimiento de los componentes en la célula
* Las vías bioquímicas a menudo crean una señal amplificada, lo que significa que tiene un epicentro de mayor amplificación, especialmente dado que la naturaleza del gel deteriora la velocidad de difusión natural.
• velocidad del flujo del citoplasma
• mecanismos de secuestro (ca + 2 es un buen ejemplo)
* las membranas y su respetable control de gradiente dentro de la célula
• directiva basada en secuencia (la secuencia de proteínas impulsa la direccionalidad del procesamiento)
• balsas lipídicas como segmentos funcionales
* puede conducir al control de las señales de amplificación (junto con el control de MAPK), así como dinámicas de gradientes interesantes que pueden alterar la conclusión de las rutas bioquímicas posteriores (página en cell.com)
• afinidad vs avidez de las interacciones proteína-proteína, proteína-lípido
* hay solo muchos sitios de actividad disponibles en la célula en un momento dado, y algunas veces estarán sujetos a interacciones débiles o “fuera del sitio” que inhibirán las reacciones naturales

Dado que muchas vías también se inhiben entre sí, o inhiben los componentes ascendentes o descendentes, todos se afectarán mutuamente de muchas maneras diferentes. Confío en que estos serán modelados, pero es mucho más que suficiente suponer que entiendo cómo estos y muchos otros factores se influyen mutuamente.

Sí, existe el peligro de reacciones cruzadas, pero es raro porque las enzimas son altamente específicas para sus moléculas sustrato / producto, las células eucariotas tienen orgánulos para compartimentar algunas reacciones (como los lisosomas que pueden descomponer casi todas las biomoléculas), y las vías están estrictamente reguladas solo se produce cuando se necesitan (es decir, las enzimas / proteínas se reciclan constantemente para sus aminoácidos).