Para el diagnóstico de la fiebre amarilla se necesitan principalmente tres tipos de pruebas: serológica, microbiológica y bioquímica.
Para la prueba serológica , se usa ELISA (ensayo inmunoabsorbente ligado a enzimas), que es útil para buscar IgM (que aparece generalmente después de 5 días a partir del contagio).
La PCR (prueba de amplificación de genes) es útil para pruebas microbiológicas para identificar el virus ARN.
Finalmente, las pruebas bioquímicas consisten en la confirmación de azotemia, coagulación anormal, leucopenia, trombocitopenia y, posiblemente, una disminución en el fibrinógeno sanguíneo.
A veces, la biopsia hepática es útil para el diagnóstico de fiebre amarilla.