Las enzimas que no son hidrolíticas no actúan principalmente sobre su sustrato por hidrólisis. Por ejemplo, las enzimas que rompen los enlaces peptídicos (proteasas, fosfatasas) actúan por hidrólisis y se considerarían enzimas hidrolíticas.
Los ejemplos de enzimas que realizan una función distinta a la hidrólisis incluyen quinasas, que unen covalentemente un grupo fosfato a su sustrato.