Las enzimas se dividen en 6 clases principales que tienen subclases y sub-clases secundarias con número de serie.
- Oxidoreductasas: incluye deshidrogenasas, oxidasas, oxigenasas, etc. Incluye enzimas que provocan reacciones de oxidación-reducción.
- Transferasas: incluye enzimas que catalizan la transferencia de un grupo.
- Hidrolasas: incluye enzimas que catalizan la hidrólisis de su sustrato al agregar constituyentes de agua a través del enlace que dividen.
- Lyases: enzimas que catalizan la eliminación de grupos de sustratos por mecanismos distintos a la hidrólisis.
- Isomerases: cataliza la interconversión de los isómeros ópticos, geométricos y posicionales mediante la reorganización intermolecular.
- Ligases: también conocidas como sintetasas. Incluye enzimas que catalizan la unión de dos compuestos que utilizan energía disponible debido a la ruptura simultánea de un enlace de pirofosfato.