Cuando los antimaláricos fueron utilizados para prevenir la malaria por el ejército, notaron beneficios en la artritis. Los antimaláricos, a saber, la cloroquina, la hidroxicloquina y la quinacrina funcionan concentrándose en los lisosomas y evitando la acidificación lisosómica.
Los lisosomas son vacuolas en las células donde hay enzimas que descomponen desechos de algunos tipos de productos de desecho, así como antígenos y productos microbianos ingeridos por la célula. Esto lleva a dos cosas en el curso normal. En las células presentadoras de antígenos, los productos de degradación (péptidos) de los antígenos ingeridos (vía endocítica) se cargan en antígenos MHC de clase II que luego pueden verse mediante linfocitos T CD4. Además, los lisosomas también contienen ciertos tipos de receptores de reconocimiento de patrones (PRR) que reconocen patrones moleculares asociados a patógenos (PAMP), a saber, TLR7 y TLR9 que reconocen ARN y ADN, respectivamente. Ambos procesos requieren la acidificación de los lisosomas, que se previene con antimaláricos.
Hay otros beneficios de los antipalúdicos. Varios virus requieren que la función lisosómica atraviese la infección (Ébola) y los antipalúdicos tienen cierta cantidad de efecto antiviral contra estos virus. Los antimaláricos también tienen efectos beneficiosos sobre el síndrome metabólico, que es la causa de la diabetes y el hígado graso. Esto reduce la toxicidad hepática del metotrexato (el metotrexato causa hígado graso).
