También tengo dolor de rodillas mientras estoy sentado en mi escritorio en el trabajo.
Lo que hago para liberar algo de dolor es levantarme y caminar, salir, tratar de calentar las rodillas con la luz del sol, un batidor, calentadores de piernas, etc.
La posición correcta también es importante. Tener las piernas estiradas o dobladas hacia atrás ejerce mucha presión en las articulaciones y esto es lo que probablemente cause dolor en las rodillas.
Corrígeme si me equivoco, pero estoy asumiendo que te sientes por largos períodos de tiempo, así que si lo haces, entra en un enrutamiento de ejercicio regular.
Espero eso ayude