La alta afinidad por los receptores de los fármacos se debe a interacciones estabilizadoras. Las principales cosas que hay que buscar son la complementariedad de formas y las interacciones favorables. La complementariedad de la forma es importante porque si la droga no tiene la forma correcta para caber en el sitio activo, habrá una gran cantidad de enfrentamientos estéricos. Las interacciones favorables a buscar son interacciones hidrofóbicas y enlaces de hidrógeno.
La microscopía de súper resolución utiliza las propiedades fluorescentes de las moléculas para romper los límites teóricos de difracción. Por lo general, se usa para visualizar cómo se mueven las moléculas dentro de las células. No tiene una resolución lo suficientemente alta como para observar la estructura de la proteína a nivel atómico, que generalmente se necesita para estudiar el atraque de drogas. Para estudiar las interacciones fármaco-proteína a nivel atómico, necesita técnicas de resolución más alta como la cristalografía de rayos X o la RMN. Las afinidades de unión también se pueden determinar mediante técnicas como ITC o interferometría de plasmón superficial.
