Si la cocción rompe los lazos aleatoriamente en función del calor, ¿cómo puede el cuerpo recuperar o eliminar la mayoría de los alimentos, que serían biológicamente extrañas moléculas producidas al cortar aleatoriamente enlaces de moléculas biológicas grandes?

La premisa de esta pregunta es incorrecta, ya que cocinar no rompe los bonos aleatorios, ni necesariamente rompe los bonos en absoluto.