Los sistemas de apoyo a la decisión clínica (CDSS) que no están completamente integrados en un EMR han tenido un éxito limitado, y esos éxitos generalmente en nichos altamente especializados donde los EMR generalizados no están haciendo un buen trabajo. Los médicos están ocupados e impacientes, y cualquier CDSS que requiera que se registren en un sistema separado y naveguen por un flujo de trabajo diferente que el EMR tendrá problemas para compartir la información, especialmente si se requiere reingresar datos que ya están en la EMR. Buenos ejemplos son los llamados sistemas de diagnóstico diferencial como Isabel.
El CDSS ideal está completamente integrado en el EMR y es discreto hasta que una nueva observación u orden se pueda beneficiar de la asistencia Just-In-Time que es relevante para el trabajo que el clínico ya está haciendo. Como ejemplo extremadamente simple, cuando el clínico solicita un CBC, puede aparecer una alerta de entrada de orden de laboratorio que dice “ya se ha extraído un CBC esta mañana y el resultado está pendiente, ¿desea continuar o cancelar este pedido?”
Ejemplos más sofisticados podrían ser alertas CDSS durante el proceso de ordenamiento de medicamentos donde el CDSS verifica y alerta sobre interacciones medicamentosas, alergias a medicamentos, sustituciones de drogas, etc., o en el orden de imágenes donde la duplicación innecesaria de estudios es extremadamente común o donde la modalidad no es apropiado para la indicación. En los flujos de trabajo de documentación, las alertas pueden activarse por valores altos o bajos para signos vitales o resultados de laboratorio, por nuevas entradas en la lista de problemas, por tendencias desfavorables (peso, presión sanguínea, producción, etc.) o en los sistemas más sofisticados, por análisis de lenguaje natural de notas no estructuradas.