Sí. Las vacunas típicamente usan proteínas recombinantes o cepas atenuadas de virus. Las vacunas rara vez tienen los mecanismos de defensa que tienen muchos virus, y la gran mayoría de las vacunas también tienen poca o ninguna patología, lo que significa que el riesgo para el huésped es mínimo o nulo. En el negativo, debido a que las vacunas usan proteínas recombinantes o cepas atenuadas, los anticuerpos formados contra la vacuna pueden no ser completamente efectivos (si es que lo son) contra el virus real ya que el ambiente cambia de lo que se encuentra en el virus vivo.
Ambos puntos son válidos para la mayoría de las vacunas, aunque dependiendo de la vacuna pueden ser más o menos ciertas. Las vacunas contra la gripe son difíciles de predecir, incluso en el mejor de los casos, ya que existe la posibilidad de que se produzca una cepa imprevista. Incluso cuando los serotipos son correctos, la vacuna tiene (creo) ~ 60% de efectividad en absoluto. La vacuna contra la Hepatitis B es casi 100% efectiva después de completar el curso y la inmunidad es esencialmente de por vida, y si pasas a un segundo curso (típicamente ofrecido para investigación biológica y trabajos de atención médica) casi se convierte en un 100% esencial. La vacuna contra el tétanos es altamente efectiva, pero debido a que es contra una proteína (asociada a otra molécula biológica que normalmente no viene con tetanospasmina) debe ser readministrada cada 5 a 10 años para mantener el título alto ya que no hay exposición natural a la toxina, lo que significa que la inmunidad cae de manera impredecible después de 10 años
En general, las vacunas generalmente rinden inmunidad menos robusta contra un patógeno que la infección natural, pero debido a que las vacunas conllevan tan poco riesgo, de todos modos es preferible vacunar en casi todos los casos.