Si los humanos adquirieron enfermedades virulentas por la proximidad de animales domesticados, ¿de dónde los sacaron los animales?

Todas las especies tienen sus propias enfermedades, por lo que cuanto más especies tenga en contacto frecuente y frecuente, más patógenos estará expuesto.

Otras especies obtienen sus patógenos de los mismos caminos generales que los humanos. Algunos patógenos co-evolucionan con ellos (por lo que los derivan de sus antepasados; por ejemplo, la mayoría de los herpesvirus se especulan junto con sus hospederos). Otros patógenos saltan de otras especies. Y a veces, por supuesto, un agente anteriormente inocuo puede volverse virulento, ya sea a través de mutaciones o mediante cambios ambientales.

No hay una forma real de generalizar cuál de estos es el patrón más común. (Para el caso, cuestiono la premisa de su pregunta, pero déjenlo. Ciertamente, los cazadores-recolectores están expuestos a enfermedades de animales salvajes).

Puede preguntarse si los animales domesticados adquieren enfermedades de los humanos, eso también puede suceder. Un ejemplo interesante es el virus vaccinia. Se originó a partir de un host desconocido; humanos infectados debido a campañas de vacunación; ha saltado al ganado, por ejemplo, en Brasil; y en al menos algunos casos, posteriormente ha regresado a los humanos del ganado. Pocos virus son tan versátiles como la vacuna, pero muestra que son posibles muchas variaciones.

Los virus se adaptan bien a su huésped principal, a menudo se vuelven menos patógenos en esa especie. Un virus puede no ser capaz de infectar fácilmente a una especie diferente, pero si lo hace, los resultados son bastante impredecibles. Por ejemplo, el VIH fue una infección zoonótica que un cazador de carne de monte recogió de un chimpancé. La gente en África ha estado cazando otros primates durante siglos, pero fue solo a principios del siglo XX que el virus pudo establecerse en la población humana. El colonialismo dio como resultado el desarrollo de ciudades en África, antes de que un cazador de carne de arbusto de una aldea que se infectó con SIV (un evento raro) no hubiera tenido tantas oportunidades de conocer nuevas parejas sexuales y probablemente hubiera muerto sin contagiar a otras personas.
Ese es un virus de una especie similar.

Una de nuestras defensas innatas contra los virus es la respuesta a la fiebre, elevando la temperatura corporal para limitar la replicación viral, esto puede ser un mecanismo arriesgado para los humanos ya que nuestros cerebros grandes pueden dañarse por las temperaturas que se desarrollan con fiebre alta.
Sin embargo, los pájaros y los murciélagos pueden tener rutinariamente temperaturas corporales superiores a cuarenta grados centígrados por el esfuerzo de volar, por lo que las infecciones zoonóticas de aves y murciélagos son en cierta medida preadaptadas para resistir nuestra respuesta inmune innata.

http://wwwnc.cdc.gov/eid/article

Se crearon nuevos nichos ecológicos para enfermedades epidémicas a medida que los humanos desarrollaban una mayor densidad de población y diferentes condiciones de vida. El reservorio de patógenos animales suministró material fuente para la evolución hacia estos nichos. Los cazadores-recolectores estaban expuestos a enfermedades animales, pero la sociedad humana aún no era adecuada para apoyar la propagación de todas estas enfermedades.