¿Puedo hacer fisioterapia cuando mi rodilla está hinchada? (Rótula desalineada)?

No solo podrías, sino que deberías.

Por cierto, si tienes una rótula mal alineada, parece que tienes la rodilla de Runner (trastorno de dolor patelofemoral). Usaría un rodillo de espuma sobre la banda de TI (o incluso mejor liberarme) y fortalecería el cuadrante medial.