Lutero, según todos los informes, no persiguió a ningún grupo importante, y constantemente habló en contra de los grupos que atacaron iglesias y conventos supuestamente en su nombre. También se opuso a las cruzadas religiosas contra los turcos, aunque admitió que la guerra contra ellos estaba justificada por las habituales razones no religiosas. Calvino fue algo menos tolerante y se interesó personalmente en la condena y ejecución de Michael Servetus, que había escrito un libro cuestionando a la Trinidad. Ante la insistencia de Calvino, Servet fue quemado vivo con madera verde para que su sufrimiento se prolongara.
Pero esos son solo los líderes prominentes. El movimiento de la Reforma era tan político como religioso, y la lucha entre los reformadores y Roma era verdaderamente una cuestión de vida o muerte para los líderes políticos, por lo que a menudo no era tanto la persecución religiosa como la guerra civil. El movimiento como un todo podría ser intolerante con grupos que considera demasiado radicales, como los anabautistas, quienes fueron perseguidos despiadadamente por Zwingli, entre otros. En lugar de quemarse en la hoguera, el método apropiado para ejecutar a los anabautistas fue el “tercer bautismo”, es decir, el ahogamiento. Hoy en día, los supervivientes de los anabaptistas son grupos como los amish y los menonitas, mientras que su práctica religiosa original probablemente estaba más cerca de los pentecostales de hoy.
En un momento dado, los luteranos se unieron a las fuerzas católicas para asediar la ciudad de Münster, que había sido tomada por lo que consideraban un enemigo común, un grupo anabautista radical liderado por John de Leyden. Cuando la ciudad cayó, todos fueron asesinados excepto los tres líderes, que fueron capturados vivos, torturados hasta la muerte y sus cuerpos colgados en jaulas de la torre de la iglesia. Una cuenta contemporánea dice que los huesos todavía estaban allí 50 años más tarde. Se han ido ahora, pero las jaulas aún están allí.