La membrana y las proteínas secretadas contienen señales de direccionamiento que las dirigen a las ubicaciones correctas.
Por ejemplo, en las proteínas eucariotas destinadas a la sexcreción, la membrana celular, ER, Golgi y los lisosomas contienen un péptido señal N-terminal. La traducción de este péptido hace que el ribosoma vaya al RE rugoso, donde la traducción continúa.
Si la proteína contiene dominios transmembrana, estos se incrustarán en las membranas. Luego se aplican otras señales de clasificación. Por ejemplo, la retención en el ER es una señal de tetrapéptido en el C-terminal (KDEL o HDEL)
Las proteínas destinadas a mitocondrias o cloroplastos tienen diferentes secuencias de direccionamiento N-terminal que funcionan de manera similar,
