Los patógenos no nos perjudican al consumir nutrientes. Después de todo, nuestras tripas y piel ya albergan varios kilogramos de bacterias que están consumiendo todos los nutrientes que pueden. En cambio, causan enfermedades al alterar las funciones de los sistemas vitales, en particular la digestión, la función nerviosa y la respuesta inmune. Lo hacen en gran medida secretando toxinas, que se dividen en varias categorías amplias:
Las enterotoxinas modifican las proteínas que controlan el flujo de iones dentro y fuera de las células que recubren el intestino. El resultado de estas modificaciones es que se excreta una gran cantidad de agua, dando lugar a diarrea acuosa y causando la muerte por deshidratación.
Las toxinas formadoras de poros perforan agujeros en las membranas celulares, esencialmente explotándolos. Estas toxinas pueden alterar la función del intestino, los nervios, las células sanguíneas y otros órganos matando a una gran cantidad de sus células.
Los superantígenos , incluidos el lipopolisacárido (también conocido como endotoxina) y la toxina del síndrome de shock tóxico, estimulan en exceso el sistema inmunitario y provocan que el cuerpo se convierta en un shock e inicie una cascada de respuestas que pueden llevar a la insuficiencia orgánica y la muerte.
Otras toxinas, como la toxina diftérica, inhiben la síntesis de proteínas en las células que atacan, lo que lleva a la muerte celular.
Estas toxinas pueden clasificarse además por las células y órganos específicos a los que se dirigen: intestino, riñón, nervios, glóbulos rojos, células del sistema inmunitario. La destrucción de una parte significativa de cualquier órgano provocará una enfermedad grave o la muerte.