Hay varias formas, dependiendo del patógeno en cuestión. La cultura y la identificación de un patógeno parecen ser la forma más obvia, es la mejor manera de identificar un * nuevo * patógeno, y algunas veces es posible cultivar e identificar algunas bacterias, virus y hongos, pero puede llevar varios días, no todos ¿pueden cultivarse patógenos, algunos son peligrosos para el personal del laboratorio y, a veces, la edad o la contaminación de la muestra lo hacen imposible?
Los tejidos se procesan en portaobjetos que podemos examinar con un microscopio y, por lo general, se tiñen con hematoxilina y eosina, por lo que podemos ver detalles en el tejido. Algunos patógenos son visibles, especialmente hongos y parásitos, y algunos de ellos tienen aspectos suficientemente distintivos que podemos adivinar basándonos en cómo se ven, y limitarlos al menos a la familia o género, si no a las especies. Las manchas especiales pueden ayudar con esto, como las manchas plateadas que hacen que las paredes fungosas se vean negras, o las manchas gramáticas y las manchas ácidas que tiñen las paredes de diferentes tipos de bacterias. Los virus a menudo hacen “inclusiones” en las células que se ven como manchas de formas, tamaños y colores distintivos en el núcleo y / o el citoplasma. Convenientemente, los virus relacionados tienden a hacer el mismo tipo de inclusión, pero no todos los virus los hacen, y muchos de ellos lo hacen, no los hacen todo el tiempo.
Si queremos observar los virus directamente, necesitamos un microscopio electrónico de transmisión; son demasiado pequeños para microscopios de luz.
Luego está la inmunohistoquímica, donde se usa un anticuerpo para un patógeno específico (a menudo un virus) para etiquetarlo, y luego otro anticuerpo unido a un tinte lo marca para que podamos ver células que contienen un virus teñido con colorante. Esta técnica también se puede usar para marcar células que expresan proteínas asociadas con cánceres, también. El truco es que tienes que tener una idea bastante buena de qué patógeno o proteína estás buscando; no puedes simplemente mancharla por “todos los virus”, y tiene que ser un patógeno que hemos desarrollado para identificar un anticuerpo.
Algunas veces también es posible usar PCR para identificar patógenos por su secuencia genética. Para esto, es mejor tener tejido fresco, pero puede funcionar en tejido fijado con formalina o tejido incluido en parafina, y de nuevo necesitas saber lo que estás buscando porque requiere imprimadores (pequeñas longitudes de ADN que coincidan con el patógeno).
Con frecuencia, encontrar una respuesta utiliza múltiples técnicas: podemos comenzar un cultivo bacteriano, hacer diapositivas de un tejido y observarlas, y ver inclusiones virales. Entonces, podríamos teñirlo con inmunohistoquímica para identificar / confirmar el virus, o usar el microscopio electrónico, o PCR, dependiendo de si tenemos anticuerpos o cebadores o ninguno para el virus que sospechamos.
