La proteína o toxina de la bacteria del suelo Bacillus thuringiensis es un insecticida natural. No actúa como un bloqueador de neurotransmisores, sino que lisa las células epiteliales del intestino medio insertándose en la membrana diana y formando poros. Esto provoca que la pared intestinal del insecto se descomponga, permitiendo que las esporas y las bacterias intestinales normales ingresen al cuerpo. Parece ser específico para ciertos tipos de insectos y tiene una toxicidad aparentemente insignificante en los humanos.
Como tal, no se debe confundir con la toxina botulínica, que también se denomina a veces BT. La toxina botulínica es una de las sustancias biológicas más venenosas conocidas y es una neurotoxina producida por la bacteria Clostridium botulinum . La toxina interfiere con la transmisión neuronal al bloquear la liberación de acetilcolina, el neurotransmisor principal en la unión neuromuscular, causando parálisis muscular. La cadena pesada de la toxina se une de manera selectiva e irreversible a los receptores de alta afinidad en la superficie presináptica de las neuronas colinérgicas y el complejo toxina-receptor se absorbe dentro de la célula por endocitosis. El enlace disulfuro entre las dos cadenas se escinde y la toxina escapa al citoplasma. La cadena ligera interactúa con diferentes proteínas en las terminaciones nerviosas para evitar la fusión de las vesículas de acetilcolina con la membrana celular. La infección con Clostridium botulinum causa el botulismo de la enfermedad y la toxina purificada se utiliza en medicina, cosméticos (Botox) e investigación.