Puede haber varias razones y estas son las que me vinieron a la mente cuando leí la pregunta.
- Aminoácidos modificados, como ácido gamma-carboxi-glutámico, Epsilon-Acetil-Lisina, Hidroxiprolina, etc. Estos se conocen comúnmente como modificaciones postraduccionales.
- Hay varias formas diferentes de modificar los residuos de Cisteína, todos los cuales tienen una posición de elución diferente
- Aminoácidos entrecruzados como en lana
- Algunas veces los aminoácidos se modifican durante el almacenamiento de la proteína, como la oxidación de metionina.
Otra pregunta, posiblemente más interesante, ¿qué significa cuando no hay un nuevo pico para ese ciclo, pero hay un pico en el siguiente ciclo del secuenciador de proteínas?