¿Por qué usamos muestras cultivadas? ¿No representan simplemente un sistema desequilibrado y no el estado real en el momento del muestreo?

Cultivamos muestras para obtener cepas para el estudio. Las muestras cultivadas no son una expresión precisa.
Se han realizado intentos para estudiar los ecosistemas in situ, incluidas las bacterias en individuos infectados. Los principales problemas con la microbiología in situ son técnicos, cómo hacer mediciones sin destruir el sistema.
Uno de los primeros intentos de estudiar la infección in situ fue realizado por John Hunter en el siglo XVIII (antes de la teoría de los gérmenes). Estudió el efecto de la infección en los huesos al colocar un pedazo de hueso en la herida llena de pus de un soldado.
Se han probado métodos más sofisticados en los últimos 200 años. Ha habido algunos éxitos relacionados principalmente con las relaciones estructurales de los procesos infecciosos pero no adecuados para el uso a gran escala. Se investigó el desarrollo de sistemas modelo que reproducen la mayor cantidad posible de aspectos de la ecología.
Dichos estudios se centran en la comprensión de los procesos infecciosos. Las muestras generalmente se cultivan para la precisión del diagnóstico.