Una clase de medicamentos para analizar son los intercaladores de ADN. Los intercaladores tienen una región activa generalmente alrededor de 3 anillos de ancho. Están diseñados para yuxtaponerse a sí mismos dentro de la hélice del ADN, alterando el apareamiento de bases normal de los nucleótidos de ADN. Estos agentes intercalantes tienen ~ 3 anillos de ancho, de modo que sus regiones activas son planas y pueden insertarse en la hélice de ADN como un disco. Pueden contener nitrógeno para que puedan producirse interacciones de unión de hidrógeno entre el grupo amino y algún grupo en el nucleótido de ADN. En última instancia, lo que sucede es una transcripción errónea del ADN, que puede ser ventajoso en una célula cancerosa, pero a la inversa puede tener también efectos negativos en las células sanas.
En cuanto a las drogas que coinciden con su descripción en todos los aspectos (múltiples anillos fusionados, nitrógeno en el anillo) esa es la clase de ajuste más cercana en la que puedo pensar.
Además, la multifuncionalidad puede ser ventajosa en el sitio activo de una enzima. Los anillos de benceno proporcionan posibles interacciones catión-pi (donde una carga de posición en los aminoácidos que cuelgan de la hendidura del sitio activo se ve atraída por la “carga negativa negativa” en el anillo bencénico del fármaco). Un grupo amino (NH2) puede proporcionar interacciones de enlaces de hidrógeno con la hendidura de la enzima, en caso de que los grupos funcionales de la hendidura quieran enlaces NH2 / hidrógeno. Se trata de diseñar un fármaco que interactúe favorablemente con la enzima, ya sea que eso signifique bloquear su sitio activo / hendidura para que no entre su sustrato habitual, bloqueando su sitio alostérico o alguna otra interacción.
