¿Cómo puede ser que C-12, con 6 protones y 6 neutrones, mida precisamente 12 amu, pero 1 protón / neutrón mide un poco más de 1 amu?

Un núcleo tiene una energía de enlace, que es la cantidad de energía extraída del núcleo para permitir que el núcleo tenga el tamaño que tiene. Dado que la masa y la energía son equivalentes, eliminar parte de la energía del núcleo disminuye su masa.

Como se explica en Unified atomic mass unit C-12 se define que tiene una masa de 12 u (unidades unificadas de masa atómica), es decir, 12 daltons. En la formación del núcleo c-12, la masa de la energía de enlace se pierde pero los protones y neutrones no unidos no han perdido ninguna energía de enlace por lo que pesan más de un dalton.

La masa no es aditiva. Si tomas un protón y agregas otro, la masa resultante será mucho más alta que dos protones, por la energía de repulsión entre ellos. No espere que la masa sea aditiva;)