Si tuviera una gran cantidad de proteína purificada, ¿qué método podría usar para predecir qué gen lo codifica?

Secuenciación de proteínas A continuación, se brinda una explicación simple y profana. Para obtener más detalles, consulte https://www.quora.com/How-does-protein-sequencing-via-Edman-degradation-work?srid=z01F

La parte difícil es encontrar la secuencia de la proteína.

Método 1: la degradación de Edman escinde el aminoácido N-terminal uno por uno. El derivado de PTH de aminoácido estable al final se identifica luego mediante Cromatografía:. Como la reacción no llega al final, la proteína generalmente se digiere primero en péptidos más pequeños para evitar la acumulación de intermedios no reactivos. Un ciclo de esta reacción lleva alrededor de una hora en un secuenciador automático, por lo que este método es muy lento pero confiable. La buena noticia es que solo una pequeña parte de la proteína debe secuenciarse por lo general (ver más abajo).

Las secuencias de aminoácidos pueden ser determinadas por la degradación automatizada de Edman

Método 2: espectrometría de masas. Dado que casi todos los aminoácidos tienen una masa única * sabiendo que la masa de una proteína restringe el número de secuencias posibles. No lo determina de manera única dado que diferentes combinaciones de aminoácidos pueden dar lugar a la misma masa. La solución es 1) romper la proteína en péptidos más pequeños por digestión con proteasas 2) someter cada ion peptídico a un paso de espectrometría de masas separada para identificar los grupos ionizables en el aminoácido para identificar qué aminoácido es (espectrometría de masas en tándem)

Convirtiendo la secuencia de la proteína en una secuencia de ADN: si se trata de una secuencia humana o bacteriana, es probable que la secuencia ya sea conocida. Se puede usar un pequeño fragmento secuenciado para recuperar la secuencia completa usando una búsqueda BLAST a través de una base de datos de proteínas conocidas. Es posible que tenga que secuenciar la proteína completa de la proteína de una especie más exótica donde solo se han secuenciado las proteínas.

* La leucina y la isoleucina tienen la misma masa y requieren técnicas especiales para distinguirlas: Cómo discriminar entre leucina e isoleucina mediante energía baja ESI-TRAP MSn

Información Adicional

1. Secuenciación de proteínas por espectrometría de masas https://cseweb.ucsd.edu/classes/…
2. Las secuencias de aminoácidos pueden ser determinadas por la degradación automatizada de Edman
3. Bases de datos de búsqueda de páginas web BLAST utilizando una consulta de proteínas