¿Cuáles son algunas aplicaciones de la informática en Bioquímica?

Otros han respondido esto bastante bien. Un aspecto que no se ha cubierto en detalle no es exclusivo de la bioquímica, pero pensé que lo mencionaría como algo general. Durante mi investigación doctoral, diseñé y sinteticé una amplia colección de compuestos relacionados que se espera que tengan propiedades antitumorales. Habiendo soñado con estas estructuras químicas, era necesario comprobar que nadie más las había logrado ya con éxito, para evitar perder meses, “reinventando la rueda”. Para hacer esto, tendría que buscar en la copia impresa de una publicación llamada “Chemical Abstracts” que cita todos los artículos publicados en química que datan de alrededor de 1809. Los editores amablemente prepararon índices recolectados de 10 años para acelerar la búsqueda, lo que significaba buscando alfabéticamente a través de aproximadamente 19 libros gruesos, para llevarme a los últimos 10 años, y luego pasar por los actuales 8 años de índices anuales, y luego los índices mensuales actuales del año … y así sucesivamente. Podría tomar varios días estar razonablemente seguro de que UN compuesto era nuevo y único. Pasé MESES de mi vida haciendo esto. Las últimas ofertas de CAS-on line le permitirán hacer una búsqueda similar en un par de horas. La parte más lenta ahora es tu habilidad para escribir.
La investigación siempre será lenta. Esa es la naturaleza de investigar lo desconocido. Si al inicio de mis 4.5 años de investigación hubiera sabido lo que sabía al final, podría haberlo hecho todo en 3 meses. Las computadoras nos permiten hacer cosas que anteriormente hubieran sido imposiblemente lentas.

Pasé casi un año investigando la dinámica molecular de un compuesto en solución por RMN, que ahora podría haber simulado durante la noche y confirmado con un experimento de 10 minutos al día siguiente.

La informática nos puede decir muchas cosas sobre las macromoléculas. Puede usar programas para analizar ADN y genes y determinar su secuencia de pares de bases. También puede usar simulaciones por computadora para determinar cómo funcionan las proteínas, los carbohidratos, los lípidos y los ácidos nucleicos. Al utilizar los programas para modelar la estructura tridimensional de las proteínas, puede ayudarnos a comprender mejor cómo operan a nivel químico.

Algoritmos de búsqueda de secuencias (BLAST, FASTA, etc.), acoplamiento simulado de analitos, sustratos en enzimas modeladas 3D y otras proteínas, modelos de flujo metabólico, solo por nombrar algunos. Hay una rama completa e incluso un diario de “Bioinformática”.