Hay una dificultad particular cuando se trata de Hep B en comparación con Hep C. El virus de la hepatitis B es conocido por ser no citopático o puede verse como “inofensivo” por el sistema inmune. El desarrollo reciente lo vinculó con la falla inmunitaria o bien se lo denominó agotamiento inmune. Esto permite que el virus viva al lado del host, como si no ocurriera nada patológico. Esto es especialmente cierto en los casos de Hepatitis B crónica que se transmitió verticalmente (de madre a hijo).
Otra complejidad está en el ciclo de vida de este virus Hep B, donde invade el núcleo del huésped y se integra a él. La célula del hígado se convirtió en una fábrica que produce viriones (virus del bebé) y HBsAg. Esto es totalmente diferente con Hep C, donde su ciclo de vida está totalmente en el citoplasma. Esta integración del núcleo, que produjo una partícula llamada cccDNA, hace que Hep B sea particularmente difícil de tratar / controlar. Hasta la fecha, no existe un tratamiento disponible para cccDNA en el mercado, y desarrollar uno tampoco es particularmente fácil debido a la entrega mínima posible de medicamentos para ingresar al núcleo, que es un campo de investigación en sí mismo con hallazgos sobre la capacidad de las nanopartículas para ingresar al núcleo.