Puedo pensar en dos formas en las que puedes determinar cómo se localizan las proteínas en diferentes partes de la célula usando MS:
- Uso de purificación específica de orgánulos: hay muchos métodos diferentes que le permiten purificar componentes específicos dentro de una celda; puede purificar bastante bien el núcleo, el aparato de Golgi, las mitocondrias, los centrosomas, etc., de los lisados de células enteras. Solo prepare estos orgánulos purificados para proteína MS / MS, y esto le dará una lista de la mayoría de las proteínas que se localizan en estos orgánulos bajo las condiciones específicas.
- Uso de etiquetado de interacción de proximidad: este es un ensayo útil que le permite etiquetar proteínas que se localizan cerca de una proteína específica para la cual ya se conoce su localización. La proteína de interés puede marcarse con una biotina ligasa, y cuando las células que expresan esta proteína se incuban en exceso de biotina, cualquier proteína cercana a la etiqueta puede ser biotinilada y luego purificada por afinidad para la secuenciación de MS. Aquí hay un ejemplo de tal estudio: las interacciones de proximidad entre los componentes del centrosoma identifican reguladores de la duplicación del centríolo.