Las embolias pulmonares se tratan de manera diferente según las comorbilidades y la gravedad de la afección.
En general, para PE submasiva sin hipotensión o compromiso hemodinámico se puede usar anticoagulación con heparina de bajo peso molecular o heparina con warfarina o rivaroxaban hasta 4-6 meses. Si no hay factores desencadenantes como cirugía, vuelos largos o medicamentos o afecciones trombofílicas, o si el paciente tiene antecedentes de embolias pulmonares, se utiliza una anticoagulación de mayor duración.
Para la EP masiva, la trombólisis inmediata con tPA o trombectomía quirúrgica puede salvar vidas.
Para los pacientes con contraindicaciones para la anticoagulación, como los pacientes con hemorragia intracraneal, a veces no se administra tratamiento activo, pero se puede insertar un filtro de vena cava inferior para evitar una embolia pulmonar adicional.