¿Qué ocurre cuando descomponemos mecánicamente (proteínas) las cadenas moleculares (estructuras), por ejemplo, mediante molienda, se vuelven a conectar (regeneran como antes) en líquido o pierden tales proteínas y sus propiedades?

No está claro si se refiere a desnaturalización de proteínas o ruptura de enlaces peptídicos. En lo que respecta a otras moléculas (especialmente los polímeros), las fuerzas mecánicas pueden romper los enlaces y, de hecho, crear otros nuevos. Vea trabajos recientes sobre polímeros de autocuración.

No estoy seguro de si la molienda mecánica puede hacer eso, excepto en el caso de moléculas muy largas que tienen subunidades ligeramente unidas entre sí por enlaces débiles, entonces es posible que pueda separar las subunidades. Los enlaces químicos actuales de AFAIK no se pueden romper simplemente moliendo.

Si rompes esos enlaces, excepto en casos excepcionales, no se vuelven a conectar.

No soy químico, así que corrígeme si me equivoco