En primer lugar, quiero decir que todavía soy estudiante y que los mecanismos son mucho más complejos de lo que estoy explicando aquí.
Cuando un virus infecta una célula en su cuerpo, asumirá ciertas funciones dentro de la célula y las utilizará para producir todo lo que necesite para replicarse (muchas proteínas). Un antígeno es cualquier cosa (por ejemplo, una pequeña parte de una proteína o carbohidrato) que induce una respuesta inmune en el cuerpo. Como ya habrás adivinado, la célula infectada contiene muchos antígenos virales ahora. Pero debido a que están dentro de la célula (hasta que la célula se lisa), su sistema inmune necesita encontrar una manera de identificar las células infectadas desde el exterior.
Aquí es donde entra en juego el Complejo de Histocompatibilidad Mayor (MHC) . Todas las células de su cuerpo tienen proteínas MHC de clase I en su superficie. La clase MHC I presenta continuamente lo que está dentro de la célula (es decir, toma una parte muy pequeña de una proteína y la muestra en la superficie de la célula). Las células asesinas naturales y las células T citotóxicas controlan las células para ver si todo está bien. Una célula infectada carecerá de ciertas proteínas (inhibidas por el virus) o tendrá ciertas proteínas que no deberían estar allí.
Editar: Pude haber entendido mal la pregunta. Supuse que su pregunta era cómo su cuerpo diferencia entre las células infectadas y las sanas.