Después de la duplicación de genes, ¿cuál es la probabilidad de cada resultado para el gen duplicado: neofuncionalización, subfuncionalización o pérdida?

Tenga en cuenta que en realidad hay posibilidades cuarta y quinta, que son la no funcionalización del gen ancestral o duplicado (es decir, la degeneración en un pseudogen). La mayoría de los modelos y la evidencia sugieren que la pérdida es con mucho la más común (ya que la duplicación será rara, y la deriva causará su pérdida). La no-funcionalización, la subfuncionalización y la neofuncionalización serán menos comunes. En teoría, la no funcionalización y la subfuncionalización deberían ser más comunes que la neo-funcionalización porque las mutaciones neutrales y deletéreas son más comunes que las mutaciones positivas. Es difícil decir cuál será el más común porque depende de muchos factores. También es difícil estudiar empíricamente, ya que el estado ancestral es desconocido.

Sin embargo, una serie de notas importantes.

1. La subfuncionalización conduce a la preservación de genes duplicados, lo que a su vez permite una mayor posibilidad de neofuncionalización. En otras palabras, no son independientes.
2. Las probabilidades dependen de varios factores genéticos de la población, particularmente el tamaño de la población, la tasa de mutación y la selección. Estos factores interactúan y son interdependientes.
3. El impacto de la selección dependerá de la naturaleza de ese gen. Existen diferencias observables generalizadas en las tendencias entre las diferentes clases de genes, pero aún pueden variar según las especies, los genomas, el medio ambiente y muchos otros factores.
4. El modelo de subfuncionalización (o mejor dicho, la duplicación-degeneración-complementación, modelo DDC) no es el único.

Si desea obtener más información, el lugar para comenzar es con la descripción original del modelo DDC por Force et al .
Preservación de genes duplicados por mutaciones degenerativas complementarias

Puede usar Google scholar para encontrar citas de ese documento (de las cuales actualmente hay 2520, mucho material de lectura)
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Muchos de estos artículos abordan directamente su pregunta, tanto con modelos teóricos como con evidencia empírica. La matemática es compleja, y no entiendo una fracción de ella, así que te dejo explorar. Muchos tienen paredes de pago, pero otros no. Aquí hay algunos:
La probabilidad de la preservación duplicada de genes por subfuncionalización
Dividir pares: los destinos divergentes de los genes duplicados
ORTOLOGOS, PARÁLOGOS Y GENÓMICA EVOLUTIVA
El destino evolutivo y las consecuencias de los genes duplicados
La probabilidad de preservación de un gen recientemente presentado es duplicada.