Un macrófago también se puede llamar un fagocito ya que realiza la fagocitosis.
Durante la fagocitosis, el macrófago reconoce los antígenos del patógeno como extraños y, por lo tanto, se mueve hacia él y lo rodea. El macrófago luego engloba a este patógeno por endocitosis formando un vacunar fagocitótico dentro del macrófago. Los lisosomas se unen a esta vacuola fagocitótica y vacían sus enzimas digestivas en la vacoule formando un fagolisosoma. Las enzimas tales como proteasa, lipasa y nucleasa digieren las proteínas, lípidos y ácidos nucleicos en el fagocito. Las sustancias solubles útiles son luego utilizadas por la célula y los productos de desecho se sacan del macrófago por exocitosis.
Sin embargo, los antígenos del patógeno no se digieren, pero el macrófago los utiliza en la presentación del antígeno para ayudar a otros WBC a desempeñar su papel en la respuesta inmune.
