Los linfocitos B son capaces de regular el sistema inmunitario. Se ha identificado un subconjunto de células B reguladoras. Los anticuerpos antiidiotípicos secretados por las células plasmáticas pueden unirse y regular negativamente a otros anticuerpos, que es otra forma más de regulación inmune.
Sin embargo, los verdaderos “controladores maestros” de la respuesta inmune son probablemente un subconjunto de células T. La mejor evidencia de esto es que aproximadamente el 50% de las personas afectadas por el síndrome IPEX (desregulación inmune, poliendocrinopatía, enteropatía, ligada al cromosoma X) tienen una mutación en el gen FOXP3. La pérdida de la función Foxp3 da como resultado pocas o ninguna célula T reguladora (Treg).