Una herramienta muy buena para hacer cebadores específicos para la región que está amplificando (si está utilizando una cultura para ADN de plantilla) es Primer-BLAST: herramienta de diseño de cebadores. Utiliza el algoritmo Primer3. Tampoco es un lugar demasiado malo para comenzar a diseñar cebadores si tu plantilla de ADN es ADN ambiental. Sin embargo, Primer-BLAST no está explícitamente diseñado para eso, y es significativamente más difícil que usar ADN de un cultivo porque hay muchos sitios de cebado desconocidos en genomas además del genoma del organismo diana.
Esto no resuelve su pregunta, pero es un problema relacionado: para hacer cebadores que son más generales para genes de quitinasa variables de Bacillus , use una alineación de codones para alinear los genes de quitinasa de muchas cepas de Bacillus y luego busque las regiones que están mejor conservadas entre las secuencias en la alineación. Diseña tus cebadores para recocer a las regiones conservadas.
