¿Tendría realmente algún sentido bombardear o destruir una gran área para eliminar una enfermedad infecciosa?

No, por varias razones.
Primero, las bombas no son mágicas, no incineran todo alrededor de donde se arrojan. En realidad, tienen un poder destructivo bastante limitado. Uno podría lograr nivelar una ciudad pequeña, usando cientos o miles de bombas y aún tener a pie a sobrevivientes heridos, indemnes y muchos vectores de enfermedades infecciosas.

Las armas nucleares tampoco son mágicas. No hacen que esa ciudad hipotética desaparezca por completo, los sótanos quedarían ilesos, por ejemplo. Las bóvedas del banco también serían seguras.

Mientras tanto, hay un período de latencia, donde uno es contagioso
y diseminando el organismo, como a través de gotitas de estornudos, tos y fluidos corporales, o incluso por insectos vectores. Cientos de personas habrían estado propagando la enfermedad, ni siquiera sintiéndose enfermos mientras propagaban la enfermedad y viajaban largas distancias.

Tómese un caso de estudio, la epidemia de Ébola de 2015. La gente viajó casi la mitad del mundo cuando estaba infectada, sin sospechar que estaban infectados.
Las restricciones de viaje fueron ineficaces, como se predijo, debido al período de latencia para la infección por ébola de entre 2 y 21 días.
Lo que fue efectivo fue ponerse al frente de la epidemia y hacer que la gente cambiara la forma en que cuidaban a los infectados y cómo se preparaban los cuerpos para el entierro. Eso evitó la exposición, lo que detuvo la propagación de la enfermedad.

No tiene sentido alguno. Bombardeo o destrucción no lo contiene. Es posible que ya esté fuera del área. Por lo tanto, matar a miles o millones de personas inocentes (con o sin la enfermedad) innecesariamente.

Digamos que quiere deshacerse del SIDA en San Francisco en 1986. También tendría que hacer NY. Y Boston. Y Dallas.

Nunca ha habido una enfermedad contagiosa que hubiera sido eliminada por los bombardeos. No SIDA. No es la peste negra. No es la gripe española de 1917.