El ibuprofeno y el naproxeno pertenecen a la misma clase de medicamentos, los NSAID. Esto significa que ambos trabajan en los mismos receptores.
Tomarlos juntos no te dará un mejor alivio del dolor. En cambio, competirán entre sí por los receptores y cada droga será menos efectiva. Entonces tomarlos juntos no tiene sentido.
Los posibles efectos secundarios de tomar demasiado de ambos son problemas estomacales, asumiría que tomar ambos aumentaría ese riesgo.