¿Qué hace que una proteína sea más difícil de ser caracterizada por proteómica?

No he entendido bien su pregunta, pero si preguntara por qué es difícil extraer una proteína particular de una celda de muestra, creo que esta puede ser una razón.
Identificación
“Distintos genes se expresan en diferentes tipos de células, lo que significa que incluso el conjunto básico de proteínas que se producen en una célula debe ser identificado”

Solubilización de la proteína de membrana