Aquí hay algunas proteínas de membrana con 3_10 hélices:
Helices en modo de embalaje A. Números de acceso del banco de datos de proteínas y numeración de residuos de las 310 hélices respectivas:
1TAG, 201-208; 3SDH, 44-51; 1GPB, 515 – 524; 1PZ4, 95-103; 1OBO, 1040-1047; 1GS6, 405-412; 1H1N, 180-186; 1LRV, 172-178 (1LRV es una proteína de repetición de leucina con 310 hélices presentes en cada repetición, solo hemos considerado una repetición en nuestro análisis).
Helices en modo de embalaje B. Números de acceso del banco de datos de proteínas y numeración de residuos de las 310 hélices respectivas:
1TYS, 134-140; 1CEO, 241-248; 1DIN, 150-158; 1PZ4, 104-110. La barra vacía indica la 310 hélice completamente encerrada (8ACN, 168-174).
Vieira-Pires, Ricardo Simão y João Henrique Morais-Cabral. “310 hélices en canales y otras proteínas de membrana”. The Journal of general physiology 136.6 (2010): 585-592.
Un gran recurso para responder preguntas como estas es RCSB Protein Data Bank. Utilicé la búsqueda AVANZADA:
Elija un tipo de consulta >> Características de la estructura >> Longitud de la estructura secundaria
Método de Estructura Secundaria >> DSSP (puede “avanzar”, depende de sus preferencias)
Subtipo de hélice >> hélice 3-10
Entre >> (no especificado)
Subtipo de Strata Strand >> cualquiera
Entre >> No especificado
http://www.rcsb.org/pdb/results/…
Esta búsqueda devolverá todas las proteínas en el PDB predichas para tener estructuras de 3-10 hélices usando el DSSP o algoritmos de zancada.
